تناط بالوكالة مهمة القيام لحساب الدولة بعمليات تقييم التعليم العالي والبحث العلمي من أجل ضمان الجود
ولهذه الغاية تضطلع الوكالة بما يلي :

 تقييم مؤسسات التعليم العالي العام والتعليم العالي الخاص ومؤسسات البحث العلمي، مع الأخذ بعين الاعتبار خصوصية كل مؤسسة، ولا سيما مشاريعها البيداغوجية والعلمية ؛

دراسة وتقييم مسالك التكوين قصد الحصول على الاعتماد أو تجديده ؛

تقييم أنشطة مراكز الدراسات في الدكتوراه وإعداد حصيلة تكوينات وأعمال البحث المنجزة بها ؛

تقييم البحث العلمي وفعالية بنياته ؛

تقييم برامج ومشاريع التعاون الجامعي في ميدان التكوين والبحث العلمي.

كما يمكن أن تقوم الوكالة، في حدود اختصاصاتها، بإنجاز التقييم بطلب من  : 

القطاعات الوزارية التي من بين اهتماماتها التعليم العالي أو البحث العلمي أو تكوين الأطر؛

المجلس الأعلى للتربية والتكوين والبحث العلمي؛

أكاديمية الحسن الثاني للعلوم والتقنيات؛

المركز الوطني للبحث العلمي والتقني؛

الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي.

على المستوى الدولي :

يجوز للوكالة، في حدود اختصاصاتها، أن تقوم في إطار اتفاقيات التعاون المبرمة من طرف المملكة المغربية بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية؛

 . يمكن للوكالة بترخيص من الإدارة أن تقوم، وفي حدود اختصاصاتها، بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية بطلب منها، وذلك في إطار اتفاقيات تبرمها لهذا الغرض